選擇性波峰焊提供了一種新的焊接手段，有著手工焊、傳統(tǒng)波峰焊和通孔回流焊無可比擬的優(yōu)越性；但任何一種焊接手段都不可能是十全十美的，選擇性波峰焊也存在一些因設備特性決定了的“局限性”。

1、選擇性波峰焊的噴嘴只能上下、左右移動，無實現(xiàn)3D轉動，選擇性波峰焊的波峰是垂直波，不是橫向波（側向波），因此對于類似安裝在微波腔體側壁上的電連接器、絕緣子及垂直安裝在母板上的子印制電路板上的元器件難以實施焊接，對于射頻連接器組件和多芯電纜組件也無法實施焊接，當然傳統(tǒng)波峰焊和回流焊也無法進行；即使機器人焊接，也會有一定的“局限性”。

2、選擇性波峰焊的第二個局限性是產量。傳統(tǒng)波峰焊是整個電路板一次性焊接，選擇焊是逐點焊接或小噴嘴拖焊，但隨著電裝行業(yè)的飛速發(fā)展，通孔元器件越來越少，選擇性波峰焊的產能通過模組化設計，多缸并行的改良，特別是德國技術的創(chuàng)新，其產能已經不能同日而語了。

3、選擇性波峰焊適應的元器件引腳間距（中心距）。在PCBA的高密度組裝中，電連接器及雙列直插式集成電路（DIP）的間距越來越小，電連接器及雙列直插式集成電路（DIP）引腳間距（中心距）已經從常用的1.27mm減小到0.5mm甚至更??；這就給傳統(tǒng)的波峰焊和選擇性波峰焊帶來了挑戰(zhàn)。當電連接器的引腳間距小于1.0mm甚至到0.5mm時，若使用逐點焊接會受到波峰噴嘴尺寸的限制，若使用拖焊也會增加焊點橋連的缺陷，因此在高密度組裝中，選擇性波峰焊的缺點凸顯。

4、與傳統(tǒng)的波峰焊相比，由于選擇性焊接設備特有的焊點“瘦身”功能，它的焊接間距可以小于傳統(tǒng)的波峰焊；對于引腳距離大于或等于2mm的通孔元器件可以做到可靠焊接；對于引腳距離1~2mm的通孔元器件需要應用設備的焊點“瘦身”功能，做到可靠焊接；而對于引腳距離小于1mm的通孔元器件，需要設計特制的噴嘴和采取特殊的工藝，才能做到無缺陷焊接。

如果電連接器的中心距小于或等于0.5mm，設計上應選用更為先進的無線纜連接技術。

5、選擇性波峰焊使用噴嘴進行助焊劑自助噴涂及焊嘴自助焊接對PCB設計有嚴格的要求，其工藝技術也有很高的要求，但仍存在一定的焊接缺陷，如錫珠就是最難解決的一種。

6、設備昂貴，一臺低檔次的選擇性波峰焊設備需要差不多20萬美元，而且選擇性波峰焊效率較低，目前最先進的選擇性波峰焊需要5s的周期，對于通孔元器件較多的PCB來說，在批量生產時根本無法跟上生產節(jié)拍，且成本巨大。